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市場活動

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2014年高通量測序數據分析培訓班
作者:彭鐵成 來源:北京源宜基因科技有限公司 發布于:2014-7-25 15:30:39 點擊量:

2014年高通量測序數據分析培訓班
 

基礎理論和實例化教學方式 

   

 為您的科研提供理論基礎和實踐經驗 

 

簡介 

 

 上海市生物信息學會(Shanghai Society for Bioinformatics,縮寫SSBI)成立于20056月,是上海市科學技術協會下屬的地方性學術團體。現有單位會員超過6家,并已經吸收了80多位個人會員,學會接受主管單位上海市科學技術協會的業務指導和上海市社會團體管理局的監督管理。上海市生物信息學會掛靠單位為上海生物信息技術研究中心。     

 

 上海生物信息技術研究中心隸屬于上海科學院,是由上海市科學技術委員會依托中國科學院上海生命科學研究院、國家人類基因組南方研究中心、復旦大學、上海交通大學、上海醫藥工業研究院等11家科研單位,整合上海生物信息學主要研究力量,正式組建了上海生物信息技術研究中心(以下簡稱中心)。中心是國內第一個以推動我國生物信息學數據共享為目的,專業從事生命科學研究、生物信息研究和數據庫建設、生物信息學軟件開發的獨立事業法人單位。2006年成立博士后科研工作站。 

 

 隨著基因組學技術的發展,中心建立了新一代測序技術平臺,包含Roche 454, Illumina HiSeq 2000/2500Illumina MiSeqIon Proton,Solid等測序系統,能夠開展新基因組測序(de novo sequencing)、基因組重測序(re-sequencing)、靶向測序(targeted sequencing)、甲基化測序(Methyl-Seq)、轉錄因子結合位點測序(ChIP-Seq)、全轉錄組測序(RNA-Seq)、miRNA測序(miRNA-Seq)等實驗和數據分析。中心在系統建模、定量組學數據獲取、分析、數據整合及其相互作用網絡分析技術平臺建設方面已經有了很多重要的研究成果。在蛋白質組學研究、細胞信號轉導研究等多個領域研究達到了國際先進水平,在系統生物學和生物信息學研究方面也取得國內外矚目的研究成果。

 

擬邀請報告人 

 

 

      李亦學 ,博士,研究員,博士生導師。上海生物信息技術研究中心主任,中科院上海生命科學研究院生物信息中心主任, 中科院系統生物學重點實驗室副主任,國家“十一五”863計劃生物與醫藥領域專家組成員。曾任國家“十五”高技術發展計劃(863計劃)生物和農業技術領域生物信息技術主題專家組組長,國家中長期發展規劃第十五專題組副組長,上海市2002年科學預見專家,中國科學院生命科學領域戰略發展專家組專家,國家科技部中英E-Science國際合作計劃中方協調人。

       2003年度上海市勞動模范,2003年度上海市優秀學科帶頭人。現為國家自然科學基金委員會生命科學部自然科學基金專職評審專家,德國Journal of Integrative Bioinformatics雜志,美國Medical Science Monitor雜志特邀審稿人,國內《科學通報》特邀編輯,生物物理和生物化學學報、中國生物工程雜志以及Genomics,Proteomics and Bioinformatics 等雜志編委。

 丁國徽  博士,上海生物信息技術研究中心/上海生物醫學研究院個人基因組研究組組長。200911月,破格提升為中國科學院上海生命科學研究院副研究員。丁國徽博士主要以分子進化,基因組學和生物醫學信息作為研究方向,已發表論文57篇,其中以第一作者或通訊作者發表SCI論文 20篇,參與申請專利5項,軟件著作權11項。 

 

 鄭廣勇  博士,副研究員,中國科學院-馬 普學會計算生物學伙伴研究所,副研究員;上海生物信息技術研究中心,病原基因組學課題組,CO-PI. 鄭廣勇博士目前已在Nature genetics, PNAS, Human Mutation, Molecular & Cellular Proteomics, Bioinformatics, BMC bioinformaticsBMC genomics,  Nature communications 等國際重要學術刊物發表了一系列論文,論文總影響因子超過70,總引用次數超過400次。 

    

 李虹   博士,在中科院系統生物學重點實驗室任助理研究員,主要研究興趣為計算基因組學和癌癥組學大數據挖掘。共以第一作者發表SCI論文8篇(PloS GeneticsMolecular & Cellular ProteomicsNucleic Acids ResearchBioinformatics等), 累計引用139次;參與發表SCI論文10篇, 累計引用729次;參與申請軟件著作權4項。 

 

 李光    高級工程師,多年從事生物信息數據的采集,分析工作。熟練使用Linux系統,依托Linux系統搭建高通量分析平臺,構建數據庫,結合Mysql,Php,Java可以提供基本展示平臺。使用Perl,R等分析工具處理數據,進行進一步統計分析。 

  

 王振  博士,現為上海生命科學研究院博士后。博士階段的研究方向為基因組進化與功能的研究。主要工作是研究蛋白質磷酸化的進化,通過分子進化的方法,發現脊椎動物不同功能模塊中的磷酸化位點的保守性存在顯著差異,從而揭示了磷酸化對脊椎動物特異性功能形成的作用。博士后階段的方向為模式生物的基因組研究。基于基因組的深度測序,利用比較基因組和群體遺傳學的方法,解析模式生物特殊性狀的分子機制。 

 

 袁力贇   博士,中國科學院上海生命科學研究院系統生物學實驗室博士后。研究細胞全能性的分化機制。構建非編碼RNA的分析流程,研究lncRNA的生物學功能及其在不同疾病中的分子調控機制。還參與包括高通量測序數據的質量控制,全基因組和外顯子基因組數據分析的流程構建等工作。 

 

 李君一   中國科學院上海生命科學研究院系統生物學國家重點實驗室博士后。 科研興趣主要是運用統計的算法以及數理的模型,結合高通量數據來研究解決遺傳學和表觀遺傳學有關的生物信息學問題。  

 

 

 

會議日程 

 

   

 生物信息基礎班

                                                                                 

 

 日期 

 
 

 時間 

 
 

 課程名稱 

 
 

 講師 

 
 

 課程內容 

 
 

 8月1日 

 

   

 
 

 9:00 - 10:30 

 
 

 生物信息學概要 

 
 

 李亦學 

 
 

 生物信息學數據分析概論  

 

 深入介紹國內外知名生物數據庫 

 

 搜索技巧及常見問題  

 
 

 8月1日 

 

   

 
 

 10:45 - 12:00 

 
 

 Linux與Perl、R語言的應用 

 
 

 李光 

 
 

 Linux系統操作 

 

 大型服務器的操作 

 

 Perl語言基礎與介紹 

 

 R語言基礎介紹 

 
 

 8月1日 

 

   

 
 

 13:30 - 16:30 

 
 

 生物信息學中的統計分析(R) 

 
 

 李虹 

 
 

 R基礎知識  

 

 R的應用  

 

 R擴展包 

 

 R解決生物學統計問題實例 

 
 

 8月1日 

 
 

 16:30 -17:00 

 
 

 自由討論與答疑 

 
   
 

 8月2日 

 

   

 
 

 9:00 - 12:00 

 
 

 核苷酸序列分析 

 
 

 鄭廣勇 

 
 

 核酸序列分析概論  

 

 核苷酸數據庫介紹  

 

  BLAST軟件介紹  

 

 如何使用公共資源預測序列功能  

 
 

 8月2日 

 

   

 
 

 13:30 - 16:30 

 
 

 進化分析 

 
 

 王振 

 
 

 物種進化概率  

 

 系統發育學  

 

 常見進化分析及軟件應用 

 

 進化分析實例 

 
 

 8月2日 

 
 

 16:30 -17:00 

 
 

 自由討論與答疑 

 
   
 

 8月3日 

 

   

 
 

 9:00 - 12:00 

 
 

 表達譜芯片數據分析 

 
 

 唐小艷 

 
 

 檢測基因表達水平的技術  

 

 差異表達基因的鑒定和檢測  

 

 Bioconductor package的應用  

 
 

 8月3日 

 

   

 
 

 13:30 - 16:30 

 
 

 二代測序技術 

 
 

 丁國徽 

 
 

 第二代測序技術介紹  

 

 第二代測序技術分析流程和常見軟件  

 

 第二代測序技術的其他應用  

 
 

 8月3日 

 
 

 16:30 -17:00 

 
 

 自由討論與答疑 

 
   

 

   

 

   

 

 轉錄組數據分析 專題培訓班

                                                                   

 

 日期 

 
 

 時間 

 
 

 課程名稱 

 
 

 講師 

 
 

 課程內容 

 
 

 8月15日 

 
 

 9:00-10:30  

 
 

 RNA分析背景及前沿技術介紹 

 
 

 王振 

 
 

 轉錄組基本概況和技術發展簡介 

 

   

 
 

 8月15日 

 
 

 10:30-12:00 

 
 

 有refernce轉錄組數據分析 

 
 

 李君一 

 
 

 數據預處理與質量控制、表達量計算、差異基因篩選 

 
 

 8月15日 

 
 

 13:30-16:30 

 
 

 無reference轉錄組數據分析 

 
 

 唐小艷 

 
 
 

 8月16日 

 
 

 9:00-12:00 

 
 

 轉錄組高級數據分析 

 
 

 袁力赟 

 
 

 聚類、功能富集、網絡等 

 
 

 8月16日 

 
 

 13:30-16:30 

 
 

 上機演練 

 
   

 質控(FASTQC)、定量(Tophat)、差異(Cuffdiff)轉錄組從頭組裝、功能注釋、GO分類、COG分類、代謝通路分析 

 
 

 8月17日 

 
 

 9:00-10:30 

 
 

 micRNA二測序數據分析 

 
 

 唐小艷 

 
 

 microRNA測序數據預處理 

 

 測序數據長度分布計算 

 

 microRNA的預測 

 

 microRNA堿基偏好性計算 

 

 microRNA靶標基因預測,結果提取、統計 

 
 

 8月17日 

 
 

 10:30-12:00 

 
 

 LncRNA分析介紹 

 
 

 袁力赟 

 
 
 

 8月17日 

 
 

 13:30 -16:30 

 
 

 自由討論與答疑 

 
   

 

   

 

   

 

 高通量測序專題培訓

                                                                                        

 

 日期 

 
 

 時間 

 
 

 課程名稱 

 
 

 講師 

 
 

 課程內容 

 
 

 8月29日 

 
 

 9:00-10:30 

 
 

 高通量測序背景及發展現況簡介 

 
 

 丁國徽 

 
 

 三種成熟的測序平臺介紹 

 

 Illumina HiSeq系列,Ion Proton及PacBio系列測序原理,特點,深度測序技術研究進展 

 
 

 8月29日 

 
 

 10:30-12:00 

 
 

 高通量測序實驗過程 

 
 

 裘鋒 

 
 

 DNA-Seq,RNA-Seq,smallRNA-Seq和甲基化測序實驗過程 

 
 

 8月29日 

 
 

 13:30-17:00 

 
 

 RNA-seq數據分析 

 
 

 李君一 

 
 

 有參考基因組的數據預處理與質量控制、表達量計算、差異基因篩選; 

 

 無參考基因組的轉錄組從頭組裝、功能注釋、GO分類、COG分類、代謝通路分析 

 
 

 8月29日 

 
 

 16:30-17:00 

 
 

 自由討論與答疑 

 
   
 

 8月30日 

 
 

 9:00-12:00 

 
 

 全基因組或目標區域重測序數據分析 

 
 

 王振 

 
 

 IIIumina測序數據的質控流程 

 

 基因組定位 

 

 SNPIndelCNV、染色體結構變異及注釋 

 

 高級分析以及后續應用的簡單介紹 

 
 

 8月30日 

 
 

 13:30-16:30 

 
 

 基因組de novo數據分析 

 
 

 徐澤,王振 

 
 

 序列預處理(質量控制) 

 

 基因組拼接 

 

 基因組功能注釋及分類 

 

 比較基因組學分析等 

 
 

 8月30日 

 
 

 16:30-17:00 

 
 

 自由討論與答疑 

 
   
 

 8月31日 

 
 

 9:00-10:30 

 
 

 甲基化測序和數據分析 

 
 

 李光 

 
 

 序列預處理(質量控制) 

 

 甲基化位點檢測及注釋 

 

 高級分析以及后續應用的簡單介紹 

 
 

 8月31日 

 
 

 10:30-12:00 

 
 

 微生物基因組測序和數據分析 

 
 

 袁力赟 

 
 

 序列預處理 

 

 序列比對、聚類、多樣性指數分析 

 

 高級分析以及后續應用的簡單介紹 

 
 

 8月31日 

 
 

 13:30-15:00 

 
 

 micRNA測序數據分析 

 
 

 唐小艷 

 
 

 數據質量控制 

 

 預處理 

 

 已知microRNA豐度統計及差異分析 

 

 新micRNA預測 

 

 micRNA靶基因預測 

 

 高級分析以及后續應用 

 
 

 8月31日 

 
 

 15:00-17:00 

 
 

 基因組重測序、多種平臺組合方案和測序方案討論 

 
   

 

   

 

 

主辦單位上海生物信息學會 

 

 協辦單位:蘇州貝斯派生物科技有限公司 

 

 北京源宜基因科技有限公司 

 

 上海生物信息技術研究中心 

 

 上海眾信生物技術有限公司

 

   

 

   

 

 培訓地址:上海市科技創業中心1號樓 

 

 具體上課地點: 上海市徐匯區欽州路1001號樓12 
                                  
培訓費用: 7月21號之后付款3000// 

 

               7月21號之前付款2800// 

 

              在校學生持學生證2500// 

 

                 同一個單位,4人以上集體報名(含4名),2500/人。 

 

               同一個人,同時報3期培訓,2500/期。 

 

 說明:以上費用含證書(上海生物信息學會頒發)、教材、稅金、午餐、茶點
                     

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聯系方式:

聯系人:楊玲玲,電話:010-51192668轉807 Email:service@yqykbiotech.com

 

 

 

 

 



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