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高通量測序常用數據庫

 核酸數據庫

GenBank:美國國家生物技術情報中心(NCBI,National Center for Biotechnology Information)基因序列數據庫。美國最主要的核酸序列數據庫,世界兩大核酸數據庫之一。

網址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

 

EMBL Database歐洲分子生物學實驗室(European Molecular Biology Laboratory )核酸序列數據庫,為歐洲最主要的核酸序列數據庫,世界兩大核酸數據庫之一。

網址:http://www.ebi.ac.uk/ena

DDBJDNA database of Japan (Mishima),位于日本的核酸序列數據庫,為亞洲主要的核酸序列數據庫。

網址:http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome.html.en

HIV DatabaseHIV序列數據庫。

網址:https://www.hiv.lanl.gov/content/index

IMGT:ImMunoGeneTics數據庫含有與免疫系統有關的核酸序列數據。

網址:http://www.imgt.org/

dbEST:序列表達標記數據庫(Expressed Sequences Tags)。

網址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html

5S rRNA:5S rRNA 數據庫。

網址:http://biobases.ibch.poznan.pl/5SData/

EPD:真核啟動子數據庫(Eukaryotic Promoter database)

網址:http://epd.vital-it.ch/

 

蛋白數據庫

SWISS-PROT:蛋白序列數據庫,由日內瓦大學醫學生物化學系與EMBL(歐洲分子生物學實驗室)共同維護,是歐洲最主要的蛋白序列數據庫,世界兩大蛋白序列數據庫之一。

網址:http://www.ebi.ac.uk/uniprot

PIR:PIR(Protein Information Resource)蛋白信息數據庫,由美國國家生物醫學研究基金會(National Biomedical Research Foundation)維護,是美國最主要的蛋白序列數據庫,為世界兩大蛋白序列數據庫之一。

網址:http://pir.georgetown.edu/pirwww/

PDB:Brookhaven蛋白序列三維立體結構數據庫。

網址:http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

PROSITE:蛋白特征序列字典。

網址:http://prosite.expasy.org/

 

Pfam:蛋白質家族結構域數據庫

網址:http://pfam.xfam.org/

 

ENZYME:蛋白酶數據庫。

網址:http://enzyme.expasy.org/

 

REBASE:限制酶數據庫。

網址:http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

 

HSSP:同類二級結構蛋白(Homology-derived secondary structure of proteins )數據庫。

網址:http://swift.cmbi.kun.nl/swift/hssp/

 

BLOCKS:蛋白序列塊數據庫(Protein Blocks Database)。

網址:http://blocks.fhcrc.org/

 

InterPro:蛋白家族數據庫Protein Family Database數據庫。

網址:http://www.ebi.ac.uk/interpro/

 

TMBASE:跨膜蛋白數據庫,包括一些預測工具。

網址:http://www.ch.embnet.org/software/tmbase/TMBASE doc.html


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