• 熱線電話:010-56107385

文件下載

聯系方式

地 址:北京市昌平區北清路生命科學園博雅CC -9號樓2層
電 話:010-56107385
傳 真:
郵 箱:support@ori-gene.cn

文件下載

您現在的位置:首頁 > 相關下載 > 文件下載
源宜基因合作伙伴又出文章啦!
作者: 來源: 發布于:2017-3-10 16:02:29 點擊量:

 

榆樹(Ulmus pumila L.)又名春榆、白榆等,素有“榆木疙瘩”之稱,為榆科落葉喬木,生于海拔1000-2500米以下之山坡、山谷、川地、丘陵及沙崗等處。榆樹喜光,耐旱、耐寒、耐瘠薄,不擇土壤,適應性很強。榆樹具有良好的生長習性,其根系發達,抗風力、保土力強,萌芽力強,生長快,壽命長,耐修剪,耐干冷氣候及中度鹽堿,但不耐水濕(能耐雨季水澇)。它還具抗污染性,葉面滯塵能力強。榆樹不僅可供家具、車輛、農具、器具、橋梁、建筑等用,其果實(榆錢)、樹皮、葉、根還可入藥,此外,由于其優良的生長習性,還是重要的園林用樹。

葉綠體作為植物細胞器的重要組成部分和光合作用的器官,其在生物進化的漫長歷史中發揮了重要作用。伴隨著生物技術的深入發展,人們發現葉綠體基因組結構和序列的信息在揭示物種起源、進化演變及其不同物種之間的親緣關系等方面具有重要價值。與此同時,比核轉化具有明顯優勢的葉綠體轉化技術在遺傳改良、生物制劑的生產等方面顯示出巨大潛力,而葉綠體基因組結構和序列分析則是葉綠體轉化的基石。

目前的研究結果表明,葉綠體基因組的結構非常保守,雙鏈環形DNA有4個基本部分組成,分別是大單拷貝區(large single copy region,LSC),小單拷貝區(small single copy region,SSC),反向重復區A(inverted repeat region A,IRA) 和反向重復區B(inverted repeat region B,IRB),2個IR區域的序列相同,但方向相反。

葉綠體基因組結構(來源于網絡)

鑒于葉綠體的重要作用,本研究利用高通量測序技術對榆樹葉綠體基因組進行了研究,值得一提的是,該研究是對榆科植物葉綠體基因組的首次報道,將為該科植物的葉綠體研究提供重要的參考信息。

 

 

 

材料

 

 

 

選取了榆屬的5個地方和野生材料的葉片組織,分別是榆樹(Ulmus pumila L.),裂葉榆(Ulmus laciniata Mayr.), 黑榆(Ulmus davidiana Planch.), 春榆(Ulmus davidiana Planch. var. japonica(Rehd.) Nakai),大果榆(Ulmus macrocarpa Hance)

 

 

 

方法

 

 

 

榆樹葉綠體提取及葉綠體DNA獲取

葉綠體基因組de novo測序

De novo組裝、gap填充和基因組注釋

選擇壓力、共線性和系統進化分析

 

 

 

研究結果

 

 

 

1、榆屬植物葉綠體基本特征

榆屬5份材料葉綠體基因組大小在158,953bp至159,453bp,其中最大的是春榆,最小的是裂葉榆。LSC的變異較大(87,633bp至88,547bp),其中最長的是大果榆,然后依次是春榆、榆樹、裂葉榆、黑榆。從結果中可以看出,榆屬的不同物種的葉綠體基因組大小在進化中由于自然選擇的作用發生了變化。

 

榆屬5份材料與其近緣植物桑科和模式植物(煙草、擬南芥、楊樹)的共線性分析顯示,它們的葉綠體基因組基因順序與其他物種具有高度保守性。其中,榆科與桑科植物的基因組同源性最高。

 

 

2、葉綠體基因的gain-loss事件

榆屬5份材料與桑科、大麻科和模式植物(煙草、擬南芥、楊樹)的比較分析使得研究人員確定,在psbL、rps16、rrn5S、petB、petD、rrn16S、rrn23Srrn4.5S之后,infA、lhbA、sprAycf68基因也容易在進化中丟失。榆屬5份材料的比較分析結果顯示,黑榆與其他4個物種相比丟失了trnH基因,而裂葉榆丟失了ndhC基因。

3、榆屬植物葉綠體基因組變異分析

榆屬5份材料葉綠體基因組變異分析結果顯示,春榆的變異位點最多(total:360,SNV:286,indel:74),其次是黑榆 (total:351,SNV:296,indel:55),裂葉榆(total:318,SNV:260,indel:58),大果榆(total:297,SNV:251,indel:46)。

由于葉綠體的母系遺傳特性,葉綠體基因大多保守,大部分變異是位于基因間的,在本研究中,春榆有8個基因發生了基因內變異,黑榆和大果榆分別有6個基因發生了變異,裂葉榆有7個基因發生了變異。其中rpoC1基因具有最多的變異位點。

該研究是榆屬葉綠體基因組的首次報道,對進一步研究光合作用、進化和葉綠體轉基因工程具有重要意義。


葉綠體基因組測序服務是源宜基因的主營業務之一,若您有相關需求,歡迎隨時與我們聯系。聯系電話:010-56107385,e-mail:support@ori-gene.cn


 

 

 

參考文獻

 

 

 

Zuo L H, Shang A Q, Zhang S, et al. The first complete chloroplast genome sequences of Ulmus species by de novo sequencing: Genome comparative and taxonomic position analysis[J]. PloS one, 2017, 12(2): e0171264.

邢少辰, CLARKE JIHONG LIU. 葉綠體基因組研究進展[J]. 生物化學與生物物理進展, 2008, 35(1):21-28.

 

 

 

 

 



亚洲人成视频在线播放_日韩免费人成视频_av成人影院在线观看